Un paysage de mer, d'îles, de plaines et de crans rocheux caractérise la région de Kamouraska.

Il y a plus de 75000 ans, débutait l'ère glacière.  Des crêtes rocheuses ont été façonnées par le passage des glaciers:  dans leurs mouvements, les glaciers ont enlevé les couches friables, alors que les couches dures ont résisté à l'érosion.  Ces collines, composées de quartzites, se dressent à travers les plaines argileuses laissées par la mer de Goldthwait, elle même crée par le retrait des glaciers, il y a 12000 ans.  Cette étendue d'eau atteignait une altitude d'environ 170 mètres au-dessus du niveau actuel de la mer.  Kamouraska était donc submergé et les petites montagnes environnantes étaient des îles. 

Encore aujourd'hui, des traces du passage des glaciers et de la mer de Goldthwait sont visibles:  d'anciennes lignes de rivages, des crêtes rocheuses et des blocs erratiques (fragments de rochers transportés par les glaciers) garnissent le paysage 

Dans les champs de collines, des rivières sinueuses, comme la rivière Kamouraska, enroulent leurs méandres.  Le territoire est également parsemé de quelques affleurements de schistes.  Quant à eux, les massifs de quartzites de l'enclave de Kamouraska contrastent avec la plaine environnante.  Habitats très secs paraissant dégarnis de végétation, ces «îlots» abritent plusieurs espèces prospérant sur des sols silieux et que l'on retrouve plus couramment dans les tourbières:  la Comandre livide, le Kalmia à feuilles étroites, le Thé du Labrador, le Pin gris et le Rhododendron du Canada. 

La plaine littorale de Kamouraska présente des faits particuliers tel son niveau qui ne dépassa que très peu celui des hautes marées de l'estuaire du Saint-Laurnet.  Ce phénomène favorise d'ailleurs l'implantation d'une variété de spartines résistante à l'eau de mer.